Согласно письму Минфина РФ в письме от 22.11.2011 г. № 03-07-11/321 компания может принять к вычету НДС с суммы перечисленной предоплаты в счет предстоящей поставки товара.
Данное положение следует из п. 1 ст. 171 НК РФ. Причем, принимать к вычету «авансовый» НДС - это право, а не обязанность компании. Поэтому, принять налог к вычету компания может и частично. В Минфине считают, что нормам Налогового кодекса данный подход не противоречит.